Не все преобразования данных являются двунаправленными, поэтому из этого не обязательно следует, потому что вы можете преобразовать Checkstyle в Eclipse, чтобы можно было применить обратное преобразование.
В этом случае я думаю, что это скорее случай требований и наличия единственного источника канонической конфигурации. Конфигурация Maven Checkstyle требуется для всех сборок Maven. Для удобства имеет смысл иметь инструмент, который отображает конфигурацию в IDE, чтобы валидации можно было применять во время сборки Eclipse (именно это делает интеграция checkstyle-m2eclipse).
Как правило, хорошей идеей является наличие одного канонического источника для вашей конфигурации, и с точки зрения переносимости сборки наиболее целесообразно, чтобы это была конфигурация Maven. Таким образом, хотя вы, вероятно, могли бы технически трансформироваться в другом направлении, вы не добились бы многого от этого. Как вы думаете, какую выгоду эта трансформация принесет вам?