Как аннотировать разные значения для каждого фасета с помощью domged geom_boxplot на R?

Question

Я пытаюсь добавить значащие звездочки в мой блок-график ggplot, используя группы (заливка) и фасеты.

Используя geom_signif(), я могу добавить столбцы, такие как:

Я пытаюсь сделать то же самое для уклоненных сюжетов тоже ... похоже на

(представьте, что значения значимости выше меньших линий ...)

Код для предыдущего графика:

данные:

library(ggplot2)
library(ggsignif)
df <- data.frame(iris,petal.colour=c("red","blue"), country=c("UK","France","France"))

Первый участок:

     ggplot(df, aes(country,Sepal.Length))+
geom_boxplot(position="dodge",aes(fill=petal.colour))+
      facet_wrap(~Species, ncol=3)+
      geom_signif(comparisons = list(c("France", "UK")), map_signif_level=TRUE,
                  tip_length=0,y_position = 9, textsize = 4)

и для меньших баров

+geom_signif(annotations = c("", ""),
              y_position = 8.5, 
            xmin=c(0.75,1.75), xmax=c(1.25,2.25),tip_length=0)

Было бы здорово позволить R сделать всю работу, но если проще добавить текст над этими небольшими строками вручную, то это нормально для меня.

Answer 1

Я не могу понять, как заставить их работать в этой группе, используя geom_signif.Смотрите первую часть моей попытки.Я смог заставить его работать, используя ggpubr и stat_compare_means, который, я считаю, является расширением geom_signif.

ggplot(df, aes(country,Sepal.Length)) +
  geom_boxplot(position="dodge",aes(fill=petal.colour)) +
  facet_wrap(~Species, ncol=3) +
  geom_signif(comparisons = list(c("France", "UK")), map_signif_level=TRUE,
              tip_length=0,y_position = 9, textsize = 4) + 
  geom_signif(y_position = 8.5, 
              xmin=c(0.75,1.75), xmax=c(1.25,2.25), tip_length=0, map_signif_level = c("***" = 0.001, "**" = 0.01, "*" = 0.05)) 

Warning messages:
1: In wilcox.test.default(c(4.9, 4.7, 5, 5.4, 5, 4.4, 5.4, 4.8, 4.3,  :
  cannot compute exact p-value with ties
2: In wilcox.test.default(c(7, 6.9, 5.5, 5.7, 6.3, 6.6, 5.2, 5.9, 6,  :
  cannot compute exact p-value with ties
3: In wilcox.test.default(c(6.3, 5.8, 6.3, 6.5, 4.9, 7.3, 7.2, 6.5,  :
  cannot compute exact p-value with ties
4: Computation failed in `stat_signif()`:
arguments imply differing number of rows: 6, 0 
5: Computation failed in `stat_signif()`:
arguments imply differing number of rows: 6, 0 
6: Computation failed in `stat_signif()`:
arguments imply differing number of rows: 6, 0 

Используя ggpubr и stat_compare_means.Обратите внимание, что вы можете использовать разные метки, тесты и т. Д. См. ?stat_compare_means.

library(ggpubr)
ggplot(df, aes(country,Sepal.Length)) +
  geom_boxplot(position="dodge",aes(fill=petal.colour)) +
  facet_wrap(~Species, ncol=3) +
  stat_compare_means(aes(group = country), label = "p.signif", label.y = 10, label.x = 1.5) +
  stat_compare_means(aes(group = petal.colour), label = "p.format", label.y = 8.5)

Answer 2

Возможно, вы можете сохранить график в виде файла .pdf и попробовать использовать Adobe Illustrator, чтобы вручную добавить в график все, что вам нужно, самое большое преимущество графика R - его идеальная совместимость с Adobe Illustrator.

Или, может быть, вы можете попытаться установить

map_signif_level = c("***"=0.001, "**"=0.01, "*"=0.05)

в geom_signif

Надеюсь, это поможет