Попробуйте скачать плагин Eclipse_Color_Themes с Eclipse Marketplace, он дает вам больше возможностей, с которыми по моему опыту легче работать, и меньше глючит.Идти на помощь, затмение рынка, поиск плагина.После установки зайдите в Окно, Настройки, Внешний вид, Общие, Цветовые темы.