Ссылка добавлялась из файла Directory.Build.targets.было следующее условие добавления ссылки
<Choose>
<When Condition="'$(IsWin32Project)' == 'true' or '$(IsWpfProject)' == 'true' or '$(IsFormsProject)' == 'true'">
<PropertyGroup>
<TargetPlatformVersion Condition="'$(TargetPlatformVersion)' == ''">10.0.$(DefaultTargetPlatformVersion).0</TargetPlatformVersion>
<TargetPlatformMinVersion Condition="'$(TargetPlatformMinVersion)' == ''">10.0.$(DefaultTargetPlatformMinVersion).0</TargetPlatformMinVersion>
</PropertyGroup>
<ItemGroup>
<Reference Include="Windows">
<HintPath Condition="Exists('$(MSBuildProgramFiles32)\Windows Kits\10\UnionMetadata\$(TargetPlatformMinVersion)\Windows.winmd')">$(MSBuildProgramFiles32)\Windows Kits\10\UnionMetadata\$(TargetPlatformMinVersion)\Windows.winmd</HintPath>
<HintPath Condition="Exists('$(MSBuildProgramFiles32)\Windows Kits\10\UnionMetadata\$(TargetPlatformVersion)\Windows.winmd')">$(MSBuildProgramFiles32)\Windows Kits\10\UnionMetadata\$(TargetPlatformVersion)\Windows.winmd</HintPath>
<Private>False</Private>
</Reference>
</ItemGroup>
</When>
</Choose>