Несмотря на то, что проблема решена, я хотел бы добавить, что только что сработало для меня.
Я просто удалил локальные файлы, а затем зафиксировал их в cvs, после чего стала доступна опция «добавить в .cvsignore». Итак, в моем случае не было необходимости обращаться к серверу cvs, кажется, что cvs просто избегает добавления файлов, которые уже находятся в его распоряжении, и их игнорировать.
Итак, удалите, зафиксируйте, создайте новый файл (локально, с тем же именем, но не зафиксируйте) и затем нажмите правую кнопку (eclipse) -> Team -> add to .cvsignore, он должен прекрасно работать.
.