Вы разделили маркер, используя 'rs'
(красный квадрат).Вы можете добавить тире в начале этой строки, чтобы указать, что вы хотите, чтобы они были соединены линией:
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(1,1,1)
ax.plot(x[y>=0], pos, '-rs')
ax.plot(x[y<0], neg, '-bo')
Вы также можете объединить их в один и тот же вызов plot
, если хотите,однако он менее читабелен:
ax.plot(x[y>=0], pos,'-rs', x[y<0], neg, '-bo')