R cutree на дендрограмме с методами "центроид" и "медиана" дает больше кластеров, чем ожидалось - PullRequest
Новая
       106

R cutree на дендрограмме с методами "центроид" и "медиана" дает больше кластеров, чем ожидалось

0 голосов
/ 31 декабря 2018

Я хочу протестировать иерархическую кластеризацию с помощью методов "центроид" и "медиана".У меня есть следующий код R: 

library(dendextend)

iris <- datasets::iris
iris2 <- iris[,-5]
species_labels <- iris[,5]

d_iris <- dist(iris2)
hc_iris <- hclust(d_iris, method = "centroid")

dend <- as.dendrogram(hc_iris)
dend <- color_branches(dend, k=3)

plot(dend, 
    main = "Clustered Iris data set
    (the labels give the true flower species)", 
    horiz =  TRUE,  nodePar = list(cex = .007))

Число кластеров, кажется, больше, чем k в функции color_branches.

enter image description here

Однако, если я выполню cutree непосредственно на hc_iris, что является результатом иерархической кластеризации: 

table(cutree(hc_iris, k=3), iris$Species)

Я получу 3 кластера, как и ожидалось: 

   setosa versicolor virginica
     50          0         0
     0         50        48
     0          0         2

Но если я применю функцию cutree к дендрограмме, число кластеров будет 34: 

table(cutree(as.dendrogram(hc_iris), 3), iris$Species)
setosa versicolor virginica
   4          0         0
   3          0         0
   3          0         0
   6          0         0
   2          0         0
   3          0         0
  10          0         0
   5          0         0
   4          0         0
   1          0         0
   1          0         0
   2          0         0
   1          0         0
   3          0         0
   2          0         0
   0          3         0
   0         27         9
   0         12         0
   0          2         0
   0          3         0
   0          1         3
   0          2         0
   0          0         9
   0          0         3
   0          0         6
   0          0         2
   0          0         3
   0          0         3
   0          0         3
   0          0         2
   0          0         2
   0          0         2
   0          0         1
   0          0         2

Это происходит как с "центроидными", так и с "срединными" методами.

...