Я довольно новичок в R, поэтому я борюсь со следующим: у меня есть набор данных, в котором я группирую несколько значений выражения органа для пациента. Таким образом я строю 10 отдельных дендрограмм. СЕЙЧАС я хотел бы выполнить консенсусный анализ и посмотреть, как эти индивидуально построенные деревья согласуются.
Для отдельных деревьев я использовал пакет dendextend. И я хотел использовать консенсусную функцию обезьяны, но я не знаю, как преобразовать мой результат из dendextend так, чтобы он был принят в консенсусе.
Таким образом, я могу построить 10 отдельных деревьев
dend <- RawData[,4:ncol(RawData)] %>%
dist %>%
hclust(method = "average")%>%
as.dendrogram
labels(dend) <- TMA_TT
dev.new()
dend %>% plot(main="dend")
Я хотел бы использовать это:
consensus(..., p = 1, check.labels = TRUE)
....either (i) a single object of class "phylo", (ii) a series of such objects separated by commas, or (iii) a list containing such objects.
Но я не уверен, как получить результаты моего dendextend для этого формата.