Извините, я вас не понял:)
Ответ - Да!
Шаг 1. найдите способ проверить внутри AP, доступно ли новое обновление для вашего приложения.
Шаг 2. Загрузить новую версию приложения (ex app_V1.1.air)
Шаг 3. Используйте этот код ....: D
import flash.fileSystem.File;
import flash.desktop.Updater;
var updater:Updater = new Updater();
var airFile:File = File.applicationStore.resolvePath("app_V1.1.air");
var version:String = "1.1";
updater.update(airFile, version);
Подробнее см. На страницах справки flex и
поиск по flash.desktop.Updater
Адриан