указать исходные файлы при использовании удаленного префикса snakemake

Question

Из документов:

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executable.html

В настоящее время этот режим требует, чтобы рабочий процесс Snakemake сохранялся в репозитории git.Snakemake использует git для запроса необходимых исходных файлов (Snakefile, scripts, config, ...) для выполнения рабочего процесса и кодирует их в задание kubernetes.

Однако мне не ясно, как указатьИсходные файлы, как указано.srcdir возвращает абсолютный путь с указанным префиксом.

Может кто-нибудь указать мне, пожалуйста, на соответствующую область документов!

Спасибо

Answer 1

Я не работал с kubernetics и Snakemake, но я предполагаю, что использование структуры по умолчанию должно работать.Вы можете легко сгенерировать эту структуру с помощью репозитория snakemake cookiecutter: https://github.com/snakemake-workflows/cookiecutter-snakemake-workflow

Просто убедитесь, что cookiecutter установлен, и вы можете запустить его в командной строке:

cookiecutter https://github.com/snakemake-workflows/cookiecutter-snakemake-workflow

Или вы можетевсегда просто смотрите, где хранятся файлы в этом репо, и копируйте структуру.