Ошибка разрешения Docker после использования опции --user - PullRequest
Новая
       22

Ошибка разрешения Docker после использования опции --user

0 голосов
/ 19 сентября 2019

Ошибка среды Python после запуска Docker-контейнера с параметром --user 1000: 1000.

Я запускаю Docker-контейнер, который создает файлы в подключенной папке.Чтобы изменить разрешение созданных файлов, я попытался запустить контейнер с --user.Он позволяет запускать контейнер, но когда позже я выполняю команду в контейнере, он выдает ошибку.

Какой вариант следует использовать, чтобы он не нарушал переменную среды и не создавал файл с разрешениями без полномочий root.

Это загруженный контейнер 

docker run --rm -v /xy:/gatk/xy --name cnv_gatk -u 1000:1000 -t -d broadinstitute/gatk:4.1.1.0

docker exec -t cnv_gatk gatk

ValueError: Unable to create the compiledir directory '/root/.theano/compiledir_Linux-4.15--generic-x86_64-with-debian-stretch-sid-x86_64-3.6.2-64'. Check the permissions.
08:54:05.201 DEBUG ScriptExecutor - Result: 1
08:54:05.201 INFO  DetermineGermlineContigPloidy - Shutting down engine
[September 19, 2019 8:54:05 AM UTC] org.broadinstitute.hellbender.tools.copynumber.DetermineGermlineContigPloidy done. Elapsed time: 0.04 minutes.
Runtime.totalMemory()=2142765056
java.lang.RuntimeException: A required Python package ("gcnvkernel") could not be imported into the Python environment. This tool requires that the GATK Python environment is properly established and activated. Please refer to GATK README.md file for instructions on setting up the GATK Python environment.
...