Я пытаюсь вычислить собственные значения матрицы F
, которая содержит 9 переменных, которые являются декартовыми координатами трех векторов.Время выполнения F.eigenvals()
занимает не менее 15 минут, и я не набрался терпения, чтобы еще дольше ждать завершения программы.Я подозреваю, что я делаю что-то ужасно неправильно, что вызывает очень долгий расчет.Может быть, это смешивание объектов numpy и sympy, которое вызывает проблему.
У меня есть три атома воды с их соответствующими массами, из которых я вычисляю так называемую матрицу масс M
, используя функцию Mmat
.
import sympy as sy
import numpy as np
from scipy.constants import u as u
def Mmat(*args):
N = len(args)
args = np.array([[arg*u]*3 for arg in args]).reshape(N*3)
m = args**(-1/2)
I = np.identity(3*N)
return m*I
mO, mH1, mH2 = 16, 1, 1
M = Mmat(mH1,mH2,mO)
Эту матрицу масс необходимо умножить по формуле F = M*H*M
на матрицу Гессе H
, чтобы получить (9,9) матрицу F
, из которой собственные значенияизвлечены.Сам гессиан определяется частными производными потенциала V
для декартовых координат трех атомов O, H1 и H2.
Расчет матрицы F
сам занимает всего секунду, ноприменение метода .eigenvals()
занимает вечность.Вот функция для вычисления H
:
def dist(v1,v2):
return ((v2-v1)**2).sum()**(-1/2)
def Hessian():
kOH, kHH, dr1, dr2, dr3 = sy.symbols('kOH kHH dr1 dr2 dr3', real=True, positive=True)
V = 1/2*kOH*(dr1)**2 +1/2*kOH*(dr2)**2 +1/2*kHH*(dr3)**2
x1,x2,x3,x4,x5,x6,x7,x8,x9 = sy.symbols('x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8 x9', real=True)
dOH10, dOH20, dH1H10 = sy.symbols('dOH10 dOH20 dH1H10', real=True, positive=True)
vO = np.array([x1,x2,x3])
vH1 = np.array([x4,x5,x6])
vH2 = np.array([x7,x8,x9])
r1 = dist(vO,vH1) - dOH10
r2 = dist(vO,vH2) - dOH20
r3 = dist(vH1,vH2) - dH1H10
V = V.subs(dr1,r1).subs(dr2,r2).subs(dr3,r3)
H = sy.hessian(V,[x1,x2,x3,x4,x5,x6,x7,x8,x9])
return H
F = M*Hessian()*M
Реальная проблема возникает только в конце:
print(F.eigenvals())
Я смешиваю классы объектов неправильно?Это тот факт, что в матрице масс есть большие числа (6.022e26)?Это нормально, если матрица такого размера работает так медленно?
Заранее спасибо.