Независимо от того, храните ли вы эти настройки локально, если вы загружаете их в память, пользователь может их прочитать. Если вы передаете их по сети, сканировать сетевые пакеты довольно просто, даже по зашифрованному соединению есть множество инструментов, которые помогут вам установить собственное сетевое соединение (для этого я использовал OpenSTA). , хотя это не совсем для этого). Кто-то, кто действительно, действительно хочет увидеть, что вы используете для настроек, сможет увидеть их, если вы запускаете что-то на своем компьютере.
Теперь, сказав, что хранить их в XML и просто зашифровать файл, возможно, самое простое решение. Даже простое сжатие файла и изменение расширения удержит людей, которым просто любопытно, какие у вас настройки.