SSIS используется для перемещения данных из одного места в другое.Ключи и индексы являются частью структуры целевой таблицы , а не частью самих данных, поэтому SSIS не может их «загрузить».Потенциально структура назначения, в которую вы перемещаете данные, может сильно отличаться от источника (и на самом деле я ожидаю этого в большинстве случаев, если вы перемещаете данные из транзакционной системы в хранилище данных, например).Вы также должны учитывать, что это может быть чтение из нескольких источников, каждый из которых имеет разные индексы и ключи.
Если вы хотите копировать структуру, а не данные, то вам нужен другой инструмент.Это может быть просто, например, использовать SSMS для сценария вывода таблицы из источника и повторного запуска в месте назначения, или что-то более продвинутое, например использование проектов базы данных Visual Studio.