Изменение ширины линии дендрограммы в heatmap.2

Question

Я пытаюсь построить тепловую карту, используя gplots::heatmap.2(). Есть много строк, и линии дендрограммы выглядят довольно тонкими по сравнению с изображением.Мне интересно, есть ли какой-либо метод сгущения линий дендрограмм, как упомянуто в этом посте для вывода pheatmap.Спасибо

Answer 1

Да, пакет dendextend делает это легко.Здесь мы можем использовать его функцию set() для достижения желаемого эффекта.

set.seed(123)
dat <- matrix(rnorm(100), nrow = 10)

library(gplots)
library(dendextend)

dd <- set(as.dendrogram(hclust(dist(dat))), "branches_lwd", 3)

heatmap.2(dat, Rowv = dd, Colv = dd)

Стоит изучить все другие интересные вещи, которые делает Dendextend.