Как я могу удалить имена столбцов в heatmap.2 в R? - PullRequest
Новая
       88

Как я могу удалить имена столбцов в heatmap.2 в R?

1 голос
/ 07 ноября 2019

Я создал великолепную карту тепла в R2, но я пытаюсь удалить имена столбцов внизу карты, потому что они неразборчивы. Я не могу удалить имена столбцов.

Я пытался сделать labCol = NULL, но ничего не происходит. Кроме того, colCol = "белый" также не работает. Есть предложения? 

data<-read.csv("Symptoms Only.csv",row.names=1)

data$Subject_type<-gsub("0","Contact",data$Subject_type)
data$Subject_type<-gsub("1","Survivor",data$Subject_type)
data$Gender<-gsub("0","Male",data$Gender)
data$Gender<-gsub("1","Female",data$Gender)

condition_colors <- unlist(lapply(data$Subject_type,function(x){
  if(grepl('Contact',x)) '#FFC0CB'
  else if(grepl('Survivor',x)) '#808080'
  }))

condition_colors

colnames(data)
data<-data[-c(1:3)]
colnames(data)
data<-t(data)

data<-as.matrix(data)

x<-data

z <- heat.clust(x,
                scaledim="column",
                zlim=c(-3,3),
                zlim_select = c("dend","outdata"),
                reorder=c("column","row"),
                distfun  = function(x) as.dist(1-cor(t(x))), 
                hclustfun= function(x) hclust(x, method="ward.D"),
                scalefun = scale)

heatmap.2(z$data,
          Rowv=z$Rowv,
          Colv=z$Colv,
          trace="none",
          scale="none",
          symbreaks = TRUE,
          srtCol=90,
          adjCol=c(0.8,1),
          key=FALSE,
          dendrogram = "both",
          lhei=c(1,5),
          cexRow = 1.1,
          margins=c(4,7),
          labCol = NULL,
          xlab="complete",
          ColSideColors = condition_colors,
          col=rev(colorRampPalette(brewer.pal(10, "RdBu"))(256)),
)```

1 Ответ

0 голосов
/ 08 ноября 2019

Изображение является базовым R-сюжетом, поэтому установка xaxt = "n" удалит имена столбцов. Вы бы задали имена столбцов пустыми строками, но, возможно, это не так целесообразно. 

library(gplots)
data(mtcars)
# correct solution
heatmap.2(x,xaxt="n")
# not so good
colnames(x) = rep("",ncol(x))
heatmap.2(x)
...