Поэтому, когда вы создаете экземпляр объекта из среды выполнения, вы не можете изменить цвет
Да .. просто сохраните ссылку при создании экземпляра.Из вашего исключения в консоли вы можете видеть, что вы (случайно?) Пытаетесь изменить цвет самого префаба, а не только что созданного экземпляра.
var instance = Instantiate(prefab, position, rotation);
var objRenderer = instance.GetComponentInChildren<Renderer>(true);
objRenderer.material.color = Color.blue;
Кажется, что в ваших скриптах вы ссылаетесьпрефаб вместо экземпляра объекта.