Python Conda Pystan, ожидает более старую версию библиотеки MPFR? - PullRequest
Новая
       124

Python Conda Pystan, ожидает более старую версию библиотеки MPFR?

0 голосов
/ 24 сентября 2019

Извините, если это не то место, где нужно задавать вопросы, но, похоже, это общий вопрос установки, а не вопрос о pystan ...

Я пытаюсь запустить несколько простых примеров pystan, PythonБайесовский пакет вывода, и он постоянно вылетает.Например, когда я запускаю пример «Начало работы, пример 1» на https://pystan.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html (за исключением того, что я добавил «verbose = True» в строку, которая выдает ошибку), в строке 

sm = pystan.StanModel(model_code=schools_code, verbose=True)

Я получаю длинную трассировку ошибок, которая начинается с: 

INFO:pystan:COMPILING THE C++ CODE FOR MODEL anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2 NOW.
INFO:pystan:OS: darwin, Python: 2.7.14 |Anaconda, Inc.| (default, Oct  5 2017, 02:28:52) 
[GCC 4.2.1 Compatible Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)], Cython 0.26.1
Compiling /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_8277449399850120616.pyx because it changed.
[1/1] Cythonizing /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_8277449399850120616.pyx
building 'stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_8277449399850120616' extension
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/var
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/var/folders
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/var/folders/6l
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl
gcc -fno-strict-aliasing -I/Users/peter/miniconda2/include -arch x86_64 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -I/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl -I/Users/peter/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/pystan -I/Users/peter/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/pystan/stan/src -I/Users/peter/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math -I/Users/peter/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/eigen_3.3.3 -I/Users/peter/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0 -I/Users/peter/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/sundials_4.1.0/include -I/Users/peter/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/Users/peter/miniconda2/include/python2.7 -c /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_8277449399850120616.cpp -o /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpQqJaIl/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_8277449399850120616.o -O2 -ftemplate-depth-256 -Wno-unused-function -Wno-uninitialized -std=c++1y
dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/mpfr/lib/libmpfr.4.dylib
  Referenced from: /usr/local/Cellar/gcc/7.2.0/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin16.7.0/7.2.0/cc1plus
  Reason: image not found
gcc: internal compiler error: Abort trap: 6 (program cc1plus)
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <https://github.com/Homebrew/homebrew-core/issues> for instructions.

Я использую миниконду в Mac OS X 10.12.5.Я получаю одинаковую ошибку, независимо от того, запускаю ли я python2 или python3.(Над трассировкой находится python2; Python3 - это python 3.6.8, установленный 25 июля).

Основная ошибка, по-видимому, в том, что он ожидает найти файл /usr/local/opt/mpfr/lib/libmpfr.4.dylib.Когда я смотрю в этот каталог, я вижу файл libmpfr.6.dylib и libmpfr.dylib, который является символической ссылкой на libmpfr.dylib, но не libmpfr.4.dylib

Интересно, если что-то ужасноепереходя к предполагаемым путям к библиотекам, как это предполагает использование библиотек, используемых / usr / bin / python, а не ~ / miniconda2 / bin / python (что я и использую для python, потому что ~ / miniconda2 / bin находится в началемоя оболочка bash PATH).

Итак ... нужно ли устанавливать более старую (rev 4) версию libmpfr?Если да, то как?

ОБНОВЛЕНИЕ: после просмотра ответа (ниже) я обновил gcc (до 9.2) и conda.но теперь он падает где-то еще ... 

INFO:pystan:COMPILING THE C++ CODE FOR MODEL anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2 NOW.
INFO:pystan:OS: darwin, Python: 3.6.8 |Anaconda, Inc.| (default, Dec 29 2018, 19:04:46) 
[GCC 4.2.1 Compatible Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)], Cython 0.28.5
Compiling /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416.pyx because it changed.
[1/1] Cythonizing /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416.pyx
building 'stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416' extension
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/var
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/var/folders
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/var/folders/6l
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T
creating /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3
gcc -Wno-unused-result -Wsign-compare -Wunreachable-code -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -I/Users/peter/miniconda3/include -arch x86_64 -I/Users/peter/miniconda3/include -arch x86_64 -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -I/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3 -I/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan -I/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/src -I/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math -I/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/eigen_3.3.3 -I/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0 -I/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/sundials_4.1.0/include -I/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/Users/peter/miniconda3/include/python3.6m -c /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416.cpp -o /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416.o -O2 -ftemplate-depth-256 -Wno-unused-function -Wno-uninitialized -std=c++1y
In file included from /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416.cpp:642:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:4:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:12:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1824:
/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:17:2: warning: "Using deprecated NumPy API, disable it with " "#define NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-W#warnings]
#warning "Using deprecated NumPy API, disable it with " \
 ^
In file included from /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416.cpp:646:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan_fit.hpp:12:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/date_time/posix_time/posix_time_types.hpp:10:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/date_time/time_clock.hpp:17:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/shared_ptr.hpp:17:
/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/smart_ptr/shared_ptr.hpp:370:174: error: no member named 'move' in namespace 'std'
    BOOST_CONSTEXPR shared_ptr( boost::detail::sp_internal_constructor_tag, element_type * px_, boost::detail::shared_count && pn_ ) BOOST_SP_NOEXCEPT : px( px_ ), pn( std::move( pn_ ) )
                                                                                                                                                                        ~~~~~^
/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/smart_ptr/shared_ptr.hpp:927:27: error: no member named 'move' in namespace 'std'; did you mean 'modf'?
    return shared_ptr<T>( std::move(r), p );
                          ^~~~~~~~~
                          modf
/usr/include/math.h:407:15: note: 'modf' declared here
extern double modf(double, double *);
              ^
In file included from /var/folders/6l/mw9lfs_51h74dfvg458rrn1c0000gp/T/tmpw103deo3/stanfit4anon_model_19a09b474d1901f191444eaf8a6b8ce2_6187777314581226416.cpp:646:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan_fit.hpp:12:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/date_time/posix_time/posix_time_types.hpp:10:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/date_time/time_clock.hpp:17:
In file included from /Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/shared_ptr.hpp:17:
/Users/peter/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/stan/lib/stan_math/lib/boost_1.69.0/boost/smart_ptr/shared_ptr.hpp:937:27: error: no member named 'move' in namespace 'std'; did you mean 'modf'?
    return shared_ptr<T>( std::move(r), p );

                          modf
/usr/include/math.h:407:15: note: 'modf' declared here
extern double modf(double, double *);
              ^

1 Ответ

0 голосов
/ 24 сентября 2019

Это не связано с питоном.Ошибка происходит из-за GCC, установленного на вашем компьютере под /usr/local/Cellar, который ожидает libmpfr.4.dylib, что соответствует MPFR 3.x.Вам нужно либо установить более новый GCC, который ожидает libmpfr.6.dylib (MPFR 4.x), либо установить MPFR 3.x.Но обратите внимание, что MPFR 3.x устарел, содержит нефиксированные ошибки и больше не поддерживается.

...