Если на вашем сервере нет среды выполнения 3.5, и вы не можете ее установить, я полагаю, вы должны придерживаться версии System.Web.Extensions 1.0.61025.0.
Я полагаю, что проблема, с которой вы сталкиваетесь, заключается в том, что используемая вами библиотека AjaxControlToolkit была построена в среде выполнения 3.5. Таким образом, ваш проект ссылается как на версию 1.0.6 ... напрямую, так и на версию 3.5 через ссылку AjaxControlToolkit, и запутывается. Вы можете попробовать загрузить исходный код инструментария и создать его с нуля, ссылаясь на версию System.Web.Extensions версии 1.0.61025.0. Затем убедитесь, что вы ссылаетесь на этот инструментарий вместо стандартного.
http://ajaxcontroltoolkit.codeplex.com/Release/ProjectReleases.aspx?ReleaseId=11121
Кроме того, вы можете попробовать убедиться, что все ссылки на номер версии DLL System.Web.Extensions согласованы как в ссылках вашего проекта, так и в файле web.config. Обратите внимание, что если у вас выбрана ссылка, вы можете переключить свойство «SpecificVersion» в True на панели «Свойства»; по-видимому, это делает .NET более требовательным к тому, какую версию DLL он выбирает.