Предполагая, что вы используете внешний интерфейс Flash, вы можете использовать Flash WebService или HTTPService для связи с внутренним сервером .Net и отправлять данные, полученные из .Net, в FMS через Flash NetConnection.
Это поможет узнать особенности того, что вы пытаетесь сделать.
Я работаю над приложением Flash / .Net / FMS уже несколько месяцев, поэтому могу помочь, если вам нужна какая-либо информация.
Эван