Я не могу воспроизвести вашу проблему;
DROP TABLE if exists lista_difusion_wp,_clientes_nowp;
create table lista_difusion_wp(cliente_id int);
create table _clientes_nowp(id_cliente int);
insert into lista_difusion_wp values (1),(2),(3);
insert into _clientes_nowp values (1),(3);
DELETE FROM lista_difusion_wp
WHERE lista_difusion_wp.cliente_id IN (
SELECT
id_cliente AS cliente_id
FROM
_clientes_nowp) ;
select * from lista_difusion_wp;
+------------+
| cliente_id |
+------------+
| 2 |
+------------+
1 row in set (0.00 sec)
Похоже, что ошибка не в опубликованном коде - проверьте наличие триггеров.