Поскольку вы уже упомянули это в своих флагах, вы можете просто использовать os.walk ():
import os
input_path = "c:\\"
list_of_bad_words = [bad, word, example]
for (path, dirs, files) in os.walk(input_path):
for bad_word in list_of_bad_words:
if bad_word in path: #TODO
if bad_word in dirs: #TODO
if bad_word in files: #TODO