Посмотрите на источник Thickbox. Совпадает ли селектор в самом начале с вашими ссылками, например,
tb_init('a.thickbox, area.thickbox, input.thickbox');
У меня нормально работает следующий пример:
<a class="thickbox" href="/a/b/c/?id=42&TB_iframe=true&width=800">link</a>