Я получил файл vcf как выходной файл модуля народонаселения Stacks v2.4.1 (Catchen, 2013). В разделе INFO у меня есть только флаги NS (т. Е. Номер выборки с данными) и AF (т. Е. Allele freq).
Мой вопрос прост: как я могу вычислить или каким-то образом добавить другие флаги INFO к этому vcf, например: AB, баланс аллелей DP, глубина сайта MQM и MQMR, для картографических качеств SAF, баланс нитей PAIRED, для правильно спаренного состояния
Эти флаги помогут мне позже отфильтровать vcf.
Спасибо!
Noé