Как восстановить файл индекса для gzipped vcf файла? - PullRequest
Новая
       31

Как восстановить файл индекса для gzipped vcf файла?

0 голосов
/ 28 мая 2019

У меня большой файл vcf с геномными данными (330 ГБ) и файл индекса, который сопровождает его.Я выполнил команду: 

bcftools view -f PASS --threads 8 -r chr9:55252802-55252810 -o output.vcf.gz -O z 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz

Я получил: 

[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz.tbi
[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz.tbi

Мне сказали, что мне нужно восстановить файл индекса с помощью Tabix.Я пробовал следующую команду, которая, казалось, работала для кого-то, у кого была похожая проблема: 

 tabix -p vcf 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz

, но она вернулась: 

tbx_index_build failed: 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz

Я не совсем уверен, какой командой я должен бытьиспользуя, чтобы восстановить мой индексный файл.Любая помощь с благодарностью!

...