У меня есть огромный vcf-файл bgzipped, содержащий целые геномы 700-и собак, и мне нужно проиндексировать его, чтобы выполнить команду bcftools.
Я использовал команду tabix
tabix -p vcf 772g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.bgz
-p vcf указывает формат ввода для индексации, поэтому я не знаю, почему он не работает. Единственными другими вариантами форматирования являются gff, bed и sam.
Возвращает:
segmentation fault (core dump)
Я не уверен, в чем проблема, поскольку файл bgzip и команда должны (я думаю, что работает). Любая помощь была бы просто фантастической!