Под «напрямую» я имею в виду не загрузку приложения и затем использование knitr::include_app, а скорее ввод исходного кода самого приложения в документ Bookdown.
Rmarkdown поддерживает это, но не этот подход, ни этот не работает с Bookdown. (Первая выдает ошибку «Ошибка: путь для html_dependency не указан», вторая отображает пустой кадр.)