Как наложить данные RTDOSE и Image в правильном положении? - PullRequest
Новая
       120

Как наложить данные RTDOSE и Image в правильном положении?

0 голосов
/ 30 октября 2019

В настоящее время я учусь в магистратуре по специальности «Медицинская физика», и мне очень нужно иметь возможность накладывать распределение изодозы из файла RTDOSE на изображение CT из набора файлов .dcm.

I 'Мне удалось извлечь изображения и массивы пикселов дозы, используя pydicom и dicom_numpy, но эти два массива не имеют одинаковый размер! Таким образом, если я наложу их вместе, доза не будет в правильном положении, в зависимости от того, как программное обеспечение Elekta Gamma Plan экспортировало его как.

Я поиграл с дикомпилером и 3DSlicer, и они, очевидно, способнысделать это, даже если массивы не одинакового размера. Тем не менее, я думаю, что я не могу экспортировать числовые данные при использовании этих программ. Я могу только прокручивать и просматривать их как изображение. Как я могу наложить RTDOSE на изображение CT?

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 15 ноября 2019

для того, что вы хотите, звучит так, как будто вы должны использовать Simple ITK (или эквивалент - мой опыт с sitk) для выполнения обработки dicom, а не pydicom.

Dicom встроенполная система для точечных и трехмерных спецификаций для всех данных о пикселях в координатах пациента . При этом используется набор атрибутов в файлах dicom в наборе тегов модуля Image Plane Module. См. здесь для хорошего обзора.

Простая библиотека ITK полностью понимает и использует полные теги 3D Image Plane для идентификации и определения местоположения любых изображений в координатах пациента по умолчанию - независимо от таких вещей, как конкретный интервал между пикселями, толщина среза и т. д. и т. д.

Итак, в вашем случае - если вы используете SITK для открытия своих исследований, то вы сможете правильно их наложить »"из коробки", потому что SITK выполнит всю работу по анализу тегов модуля плоскости изображения и определит местонахождение данных в координатах пациента - так же, как вы получаете с 3DSlicer.

Pydicom, внапротив, сама по себе не пытается использовать какую-либо эту информацию. Он дает только необработанные пиксельные массивы (для изображений).

Примечание. Я использую как pydicom, так и SITK. Это не что-то плохое в pydicom, а скорее вопрос правильного инструмента для работы. Фактически, для многих (большинства?) Вещей я использую pydicom, но для любой настоящей работы с 3D-типами SITK является более простым в использовании инструментарием.

...