Вот простой способ использования поднабора:
myxts <- xts::xts(x = 1:100, order.by = seq.Date(from = as.Date("2019-10-17"), by = "d", length.out = 100))
myxts[1:floor(nrow(myxts) / 6) * 6 + 1, ] <- myxts[1:floor(nrow(myxts) / 6) * 6, ]
2019-10-17 1
2019-10-18 2
2019-10-19 3
2019-10-20 4
2019-10-21 5
2019-10-22 6
2019-10-23 6
2019-10-24 8
2019-10-25 9
2019-10-26 10
2019-10-27 11
2019-10-28 12
2019-10-29 12
2019-10-30 14
2019-10-31 15