См. Номера 124 и 128 на github, чтобы узнать причину почему.
Решение (пока?), Используйте дополнительный пакет с именем matrixStats. Приведенный ниже код вернет стандартное отклонение для каждого столбца объекта xts.
apply.daily(df.xts, matrixStats::colSds)