Нашли это! Если вы нажмете кнопку «Связать с редактором» (кнопка со стрелкой влево над стрелкой вправо) в Project Explorer, она развернет дерево в проводнике проекта до файла, который вы редактируете в данный момент. Это кнопка переключения, и ее состояние сохраняется при закрытии Eclipse. Поэтому, когда вы открываете его обратно, проводник вашего проекта раскрывается в файл, который открыт в данный момент.