Пакет viridisLite не загружается и вызывает ошибку при запуске getViz () и plot () в пакете mcgViz - PullRequest
Новая
       6

Пакет viridisLite не загружается и вызывает ошибку при запуске getViz () и plot () в пакете mcgViz

0 голосов
/ 31 октября 2019

Я установил модель GAM с использованием пакета mgcv в R и пытаюсь визуализировать результаты с помощью пакета mgcViz, используя getViz (), а затем функции plot (). Сегодня он работал ранее, но теперь показывает следующую ошибку, которая предполагает, что пакет viridisLite загружается неправильно. Я вижу viridisLite и связанные с ним файлы в моих папках по указанному пути, и он говорит, что он успешно загружается при первой загрузке mgcViz. Я не думаю, что я что-то изменил, кроме выхода и повторного открытия R Studio

Сообщение об ошибке: 

plot(GAM1Viz)
Error in getExportedValue(pkg, name) : 
  cannot open file '~/R/win-library/3.5/viridisLite/data/Rdata.rdb': No such file or directory
In addition: Warning message:
In getExportedValue(pkg, name) : restarting interrupted promise evaluation

Это пакеты, которые я установил, и мой код. Я пробовал удалять и переустанавливать пакеты несколько раз, пробовал их в разных порядках и перезагружал и R, и мой компьютер. 

install.packages("mgcv")

library("mgcv", lib.loc="~/R/win-library/3.5")

Mytilus<-Biotic_AllQuads_2019_06_01$Mytilus

PisTreat<-as.factor(Biotic_AllQuads_2019_06_01$PisTreat)

PredVeloc<-Biotic_AllQuads_2019_06_01$PredVeloc

PredRoboma<-Biotic_AllQuads_2019_06_01$PredRobomax


GAM1<-gam(Mytilus ~ factor(PisTreat) + s(PredRoboma, bs = "tp", k = 11) +  s(PredVeloc, bs = "tp", k = 11) + s(PredVeloc, PredRoboma, bs = "tp", k = 100) + PredRoboma:PisTreat + PredVeloc:PisTreat + PredRoboma:PredVeloc:PisTreat, family = binomial())

install.packages("mgcViz") 
#During installation it says, among other things, "package ‘viridisLite’ successfully unpacked and MD5 sums checked"

library("mgcViz", lib.loc="~/R/win-library/3.5")
GAM1Viz<-getViz(GAM1)

plot(GAM1Viz)
Error in getExportedValue(pkg, name) : 
  cannot open file '~/R/win-library/3.5/viridisLite/data/Rdata.rdb': No such file or directory
#so I load viridisLite and try again
library("viridisLite", lib.loc="~/R/win-library/3.5")
> plot(GAM1Viz)
Error in getExportedValue(pkg, name) : 
  cannot open file '~/R/win-library/3.5/viridisLite/data/Rdata.rdb': No such file or directory

Кроме того: Предупреждение: 

In getExportedValue(pkg, name) : restarting interrupted promise evaluation

Файл определенно находится в указанном выше каталоге, но R не может получить к нему доступ. Пожалуйста, руководство, чтобы исправить эту проблему.

Спасибо!

...