Это могут быть ограничения безопасности, которые не позволяют браузеру IE загружать скрипт D3. Что вы можете сделать, это загрузить сценарии, поместить их в ту же папку, что и ваши файлы, и изменить пути, указанные в вашем источнике.
Я скачал файл d3.js в свой проект ASP.NET по вашей ссылке. и добавьте его на страницу.
Я протестировал его с IE 11, и он работает нормально, без ошибок.
Ссылка:
d3 не определена - ReferenceError