Я бы объединил два фрейма данных в один фрейм данных, а затем построил бы график:
df1 <- data.frame(data = rep("data1",100),MEANS = rnorm(100))
df2 <- data.frame(data = rep("data2",100),MEANS = rnorm(100))
df <- rbind(df1,df2)
boxplot(data = df, MEANS ~ data)