Оператор цикла for определен в вашем фрагменте кода следующим образом
for (i = 2; i <=number-1; i++)
if(number%i==0)
break;
То есть это то же самое, что и
for (i = 2; i <=number-1; i++)
{
if(number%i==0) break;
}
Следующий оператор if не принадлежитдля цикла
if(i==number){
cout<<"This is a prime number";
}
else{
cout<<"Not prime number";
}
Так что если после цикла for я равен числу (после последней итерации цикла), то число простое.
Причина путаницы - плохаяформатирование кода .:)