Ошибка компиляции в rstan, Ubuntu 18.04, что делать? - PullRequest
Новая
       40

Ошибка компиляции в rstan, Ubuntu 18.04, что делать?

0 голосов
/ 07 ноября 2019

У меня есть сервер Linux, который я хочу использовать для запуска некоторых моделей Rstan. Я использую пакет brms для записи их в R.

До сих пор я мог устанавливать пакеты без каких-либо серьезных проблем. Но когда я запускаю модель, я получаю это сообщение об ошибке: 

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) : 
  Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from /usr/local/lib/R/site-library/RcppEigen/include/Eigen/Core:392:0,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/RcppEigen/include/Eigen/Dense:1,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp:4,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/rev/core/build_vari_array.hpp:4,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/rev/core.hpp:5,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp:4,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/stan/math.hpp:4,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/StanHeaders/include/src/stan/model/model_header.hpp:4,
                 from file22814fd3eb3a.cpp:8:
/usr/local/lib/R/site-library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/arch/SSE/PacketMath.h:60:39: warning: ig
In addition: Warning message:
In system(cmd, intern = !verbose) :
  running command '/usr/lib/R/bin/R CMD SHLIB file22814fd3eb3a.cpp 2> file22814fd3eb3a.cpp.err.txt' had status 1
Error in sink(type = "output") : invalid connection

Я подозреваю, что что-то не так с установкой какого-либо пакета, но я не уверен, что с этим делать.

Сервер использует Ubuntu Server версии 18.04 LTS (бионический) 64-разрядный, и у меня установлен новейший компилятор g ++. Спецификации: Размер памяти: 2048 МБ. Диск 1: 20 ГБ

Кроме того, возможно, это не связано, когда я устанавливаю некоторые пакеты (например, httpuv), я получаю кучу таких предупреждений: 

In file included from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/shared_ptr.hpp:17:0,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/gregorian/greg_month.hpp:14,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/gregorian/greg_ymd.hpp:16,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/gregorian/greg_calendar.hpp:17,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/gregorian/gregorian_types.hpp:19,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/posix_time/posix_time_config.hpp:18,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/posix_time/posix_time_system.hpp:13,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/posix_time/ptime.hpp:12,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/posix_time/posix_time.hpp:15,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time/local_time/local_time.hpp:11,
                 from /usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/date_time.hpp:15,
                 from utils.h:13,
                 from fs.cpp:2:
/usr/local/lib/R/site-library/BH/include/boost/smart_ptr/shared_ptr.hpp:471:31: warning: ‘template<class> class std::auto_ptr’ is deprecated [-Wdeprecated-declarations]
     explicit shared_ptr( std::auto_ptr<Y> & r ): px(r.get()), pn()

Возможноэто актуально?

Кто-нибудь может увидеть проблему здесь?

...