Я предполагаю, что графики появляются в разных графических окнах? Новые фигурные окна создаются с помощью команды figure. Я бы попробовал поискать в коде figure команды;за ними последуют plot, bar, stair, stem или любая другая функция построения графиков MATLAB. Вы можете использовать точки останова для построчного выполнения кода и просмотра появившихся графиков.