Сгенерированные классы являются частичными классами, поэтому вы можете расширить их в любом месте вашей сборки с помощью другого частичного определения класса (примечание: я не имею в виду методы расширения, просто другое частичное объявление класса).
Таким образом, вы также можете заново сгенерировать эти классы, не беспокоясь о перезаписи других ваших расширений классов.