Я не могу сказать только по изображению, почему у вас есть такие проблемы, но я могу дать несколько советов. Не используйте локальные переменные, вместо этого используйте регистры сдвига. Локальные переменные могут портить порядок выполнения вещей. Вы можете попытаться выполнить выборку данных в двух циклах parralel. Таким образом, они не будут выполняться последовательно, и вы можете увидеть, если одна из выборок ввода медленнее, чем предполагалось.
Я не думаю, что будет разумно записывать в файл каждую итерацию цикла. Я думаю, что это ваш главный виновник! Для этого также используйте петлю Парралла. Вы можете создать очередь, чтобы безошибочно отправлять данные для циклов smaple данных в цикл сохранения в файл / создание графика. Когда вы используете параллельные циклы, это действительно то, где сияет Labview. Из опыта USB может быть непостоянным, когда дело доходит до выборки данных, но в этом случае я действительно думаю, что функция сохранения в файл все портит.