Сначала нужно смоделировать проблемное пространство. т.е. модели для папок и файлов. У каждого есть свойства (имя и т. Д.) И ассоциации (в папках может быть много файлов и подпапок).
Для хранения физических файлов вы можете использовать сторонний сервис, такой как Amazon S3.
Это поможет вам начать, по крайней мере.