Как исправить ошибку в файле (file, ifelse (append, "a", "w")): не удается открыть соединение в R Notebook

Question

В настоящее время я изучаю R Notebook, и у меня проблема с маршрутом. Я сделал проект R и разместил все свои скрипты и файлы в папке, содержащей проект R. Я пытаюсь запустить:

Далее установите библиотеки:

library(tidyverse)
library(CHNOSZ)
library(janitor)

Затем импортируйте и объедините файлы, используя:

d <-list.files(path="./merge", pattern="*.csv", full.names = TRUE) %>% 
  map_df(~read_csv(., col_types = cols(.default = "c")))

d

, и в результате вы получите0 строкКроме того,

write.csv(d,file="data_generated/FinalmergeAllCompounds_comb.csv")

выдает ошибку Ошибка в файле (file, ifelse (append, "a", "w")): невозможно открыть соединение

Когда я запускаю это какнормальный скрипт в том же проекте в Rstudio скрипт работает просто отлично. Я объединяю файлы .csv без проблем и могу без проблем экспортировать их обратно в каталог моего проекта.

Кажется, что существует конфликт между RNotebook и путем к файлу. Как мне это исправить?

Answer 1

Ответом на вопрос было добавление:

knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

в начало скрипта для ноутбука на основе комментария csgroen и этого поста Настройка рабочего каталога в knitr с помощью opts_chunk $ set (root. dir = ...) не работает