Я думаю, что короткий ответ заключается в том, что вы не можете делать то, что описали, используя MSI. Поскольку установщик Windows допускает одновременную установку только одного MSI, вам может потребоваться написать приложение, отличное от MSI, которое может отображать пользовательский интерфейс, и устанавливать MSI последовательно в зависимости от выбора пользователя. Вы можете использовать MSI как внешние ресурсы, если не хотите компилировать их в основную программу установки.