Почему бы просто не позволить им добавлять комментарии и ссылки, используя уникальный идентификатор видео, и сохранять эту информацию в вашей базе данных? Если только вы не хотите редактировать само видео.
Вы можете использовать флэш-память для чтения комментариев из XML-файла, а затем отображать его поверх видео. Пожалуйста, уточните, как вы хотите, чтобы эти комментарии отображались.
Редактировать: Если вы хотите сделать это, как YouTube, он создает Flash SWF, который может читать из XML-файла (где XML-файл берет уникальный идентификатор видео для запроса базы данных для получения комментариев) .. комментарии будет отображаться в верхней части видео в виде меток. Пожалуйста, используйте ActionScript 2 или 3 в зависимости от того, какую версию Flash вы используете.