Хм, я предполагаю, что ваше приложение Flask работает на экземпляре Windows EC2, и вы хотите получить имя пользователя для входа в систему на локальном экземпляре, на котором оно работает? В этом случае это действительно должно быть так же просто, как извлечь его из переменных среды, например, используя этот фрагмент кода:
import os
USER = os.getenv('USERNAME')