ANOVA дает мне значительное значение P, но HSD Тьюки классифицирует все как одну и ту же букву. Что я делаю не так, чтобы вызвать это? - PullRequest
Новая
       92

ANOVA дает мне значительное значение P, но HSD Тьюки классифицирует все как одну и ту же букву. Что я делаю не так, чтобы вызвать это?

1 голос
/ 15 октября 2019

Когда я смотрю на ANOVA для своего набора данных, я получаю P-значение 0,018, что существенно при альфа = 0,05. Однако, когда я делаю HSD-тест Тьюки на этом ANOVA, все попадает в группу А. Кто-нибудь может объяснить, что здесь происходит?

Вот мои данные: 

dataHodag <- read.table(text="
   Plot Rate Rep HollowHeartPercent
1  2155    1   1                0.0
2  2252    1   2                0.2
3  2343    1   3                0.2
4  2433    1   4                0.2
5  2211    2   2                0.0
6  2326    2   3                0.0
7  2412    2   4                0.0
8  2136    2   1                0.2
9  2124    3   1                0.0
10 2334    3   3                0.0
11 2421    3   4                0.0
12 2236    3   2                0.2
13 2246    4   2                0.0
14 2354    4   3                0.0
15 2446    4   4                0.0
16 2116    4   1                0.1
17 2145    5   1                0.0
18 2225    5   2                0.0
19 2314    5   3                0.0
20 2451    5   4                0.0", header=TRUE)

IЯ использую пакет Agricola для моего анализа. Вот код, который дает мне мой ANOVA: 

TukeyAOV <- aov(HollowHeartPercent ~ Rep + Rate, data=dataHodag)
summary(TukeyAOV)
#             Df  Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)  
# Rep          1 0.00250 0.00250   0.406  0.533  
# Rate         1 0.04225 0.04225   6.857  0.018 *
# Residuals   17 0.10475 0.00616                 
# ---
# Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

А вот код для моего теста Тьюки HSD: 

HSD <- agricolae::HSD.test(TukeyAOV, "Rate", alpha = 0.05, group=TRUE)
print(HSD$groups)
#  HollowHeartPercent groups
# 1              0.150      a
# 2              0.050      a
# 3              0.050      a
# 4              0.025      a
# 5              0.000      a

Любая помощь будетбыть высоко ценится. Спасибо !!

1 Ответ

3 голосов
/ 15 октября 2019

Вы заметили расхождение в степенях свободы? Вы читаете Rate и Rep как числовые переменные, а не как факторы. Сравните с: 

> dataHodag$Plot <- as.factor(dataHodag$Plot)
> dataHodag$Rate <- as.factor(dataHodag$Rate)
> TukeyAOV <- aov(HollowHeartPercent ~ Rep + Rate, data=dataHodag)
> summary(TukeyAOV)
            Df Sum Sq  Mean Sq F value Pr(>F)
Rep          1 0.0025 0.002500   0.368  0.554
Rate         4 0.0520 0.013000   1.916  0.164
Residuals   14 0.0950 0.006786

Надеюсь, это поможет.

...