Я бы пошел с немного другим подходом.
Я бы настоятельно рекомендовал создавать все это во Flex 3 вместо Flash CS4. Если страницы достаточно общие, вы можете даже сохранить их в базе данных и динамически создавать их, когда пользователь открывает страницу или главу.
Flex был создан для ускорения создания простого пользовательского интерфейса.
Мне никогда не нравилось работать с файлами .fla, хотя этого трудно избежать.
Во всяком случае, я бы пошел с решением C.
Обновление:
Моя причина выбора C вместо B довольно проста. Версии большого .fla близки к невозможным. Скажем, вы обновляете главу, но затем вы обнаруживаете ошибку на одной из страниц, которая должна быть исправлена как можно скорее. Перед исправлением ошибки вам необходимо полностью перевернуть всю главу, потому что обновление, над которым вы работаете, еще не совсем готово. Теперь вам нужно найти правильную версию, которая может немного раздражать, если вы исправляли некоторые вещи на других страницах.
И если вы работаете в команде, это становится еще более раздражающим. Два человека не могут работать на разных страницах в одной главе.
Пока Flash Catalyst не выйдет, это просто то, с чем приходится сталкиваться разработчикам Flash, но я считаю, что становится немного легче, когда вы распространяете контент в большем количестве .fla. Конечно, это немного раздражает, когда вы делитесь графикой между страницами, но все же управляемо.