Я получаю предупреждающее сообщение «некоторые наблюдения были отброшены из-за отсутствия соответствующих ковариат» с кодом ниже. Я не получил того же предупреждения, когда запускал следующий код с меньшим набором данных.
Я не знаю, как я должен предоставить фиктивный набор данных, используя этот формат, но;Ковариаты моего сайта отформатированы в столбцах с тем же числом строк, что и матрица обнаружения. Для моих ковариат наблюдений они отформатированы таким образом, чтобы, например, при наблюдениях в Тандуре сетки Тандура были равны 1, Салук 0 и оставшиеся NA
Связано ли предупреждение с синтаксисом? Или это какая-то другая ошибка. Кроме того, проблема, кажется, мешает моей способности строить графики позже, используя модель. Ранее я задавал вопрос, касающийся эстетики, и после устранения синтаксической ошибки я получаю это сообщение об ошибке.
Ошибка: эстетика должна иметь длину 1 или совпадать с данными (111): x
Точно такой же код работает при создании графика с меньшим набором данных. Это заставляет меня верить, что это причина маршрута этой более поздней ошибки. Я предполагаю, что отбрасывание наблюдений из-за отсутствия соответствующих ковариат приводит к несоответствию в эстетике и данных при построении графика.
Я застрял на вещах, чтобы попытаться быть честным. Я предполагаю, что отсутствие соответствующих ковариат означает, что R не видит ковариаты сайта, соответствующие конкретным наблюдениям. Тем не менее, как это может быть, если имеется одинаковое количество строк, каждая из которых представляет одну и ту же сетку, между файлами сайта и ковариат наблюдения.
WolvesModel <- unmarkedFrameOccu(y=WolfDetMatA, siteCovs=Site.Covs.Wolves1,
obsCovs=list(site.SAL=site.SAL[,c("occ_1","occ_2", "occ_3","occ_4","occ_5", "occ_6", "occ_7", "occ_8","occ_9","occ_10","occ_11","occ_12","occ_13","occ_14")],
site.TAN=site.TAN[,c("occ_1","occ_2", "occ_3","occ_4","occ_5", "occ_6", "occ_7", "occ_8","occ_9","occ_10","occ_11","occ_12","occ_13","occ_14")],
EFF=EFF[,c("occ_1","occ_2", "occ_3","occ_4","occ_5", "occ_6", "occ_7", "occ_8","occ_9","occ_10","occ_11","occ_12","occ_13","occ_14")]))
m<-occu(~1~1, data=WolvesModel)
m
> m.site2<-occu(~ site.SAL + site.TAN + EFF ~ 1, data=WolvesModel)
Warning message:
Some observations have been discarded because corresponding covariates were missing.
> m.VIL2<-occu(~ site.SAL + site.TAN + EFF ~ Vill_Dist, data=WolvesModel)
Warning message:
Some observations have been discarded because corresponding covariates were missing.
> m.RAN2<-occu(~ site.SAL + site.TAN + EFF ~ Rang_Dist, data=WolvesModel)
Warning message:
Some observations have been discarded because corresponding covariates were missing.
> m.LEP2<-occu(~ site.SAL + site.TAN + EFF ~ Lep_Det, data=WolvesModel)
Warning message:
Some observations have been discarded because corresponding covariates were missing.
> m.PRO2<-occu(~ site.SAL + site.TAN + EFF ~ Prot_Stat, data = WolvesModel)
Warning message:
Some observations have been discarded because corresponding covariates were missing.
The expected is to be able to produce a graph because the dataset/aesthetics match.
I believe this warning message/an issue with the site covariates mapping onto the detection matrix and/or the observation covariates is the route of the issue.