Вы захотите настроить условия запуска в своем проекте развертывания, чтобы убедиться, что установлена версия 2.0 SP1. Вы захотите установить требование на основе переменной MsiNetAssemblySupport, привязанной к номеру версии .NET 2.0 SP1 (2.0.50727.1433 и выше в соответствии с эта страница .)
Начать загрузку проекта для фактической загрузки фреймворка, если он не установлен, - это другой вопрос, и существует множество статей о том, как это сделать.