Я думаю, это зависит от того, насколько хорошо вы тестируете свой код и миграции. Если вы проверяете свой код при каждом развертывании и убедитесь, что все работает как надо, вы можете выполнить миграцию. Обратите внимание, что миграция требует времени, и это означает, что вы должны закрыть сайт до завершения миграции, например, с режимом обслуживания Laravel (https://laravel.com/docs/5.7/configuration#maintenance-mode).
Если вы не тестировали свой код, вам следует это сделать. Если вы автоматически развертываетесь на сервере, вы должны быть на 100% уверены, что код будет работать.