путь по умолчанию в контейнере сингулярности - PullRequest
Новая
       25

путь по умолчанию в контейнере сингулярности

1 голос
/ 21 ноября 2019

Я очень плохо знаком с пространством контейнера и, следуя некоторым урокам, я пытаюсь запустить и запустить свой собственный контейнер особенностей.

Мой рецепт следующий: 

BootStrap: debootstrap
OSVersion: trusty
MirrorURL: http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/

%post
    #install strelka2.9.2 - these commands get run during the container build stage
    apt-get -y --force-yes install wget bzip2 python-dev
    wget https://github.com/Illumina/strelka/releases/download/v2.9.2/strelka-2.9.2.centos6_x86_64.tar.bz2
    tar xvjf strelka-2.9.2.centos6_x86_64.tar.bz2

%environment
    #What to put here to find the strelka-2.9.2.centos6_x86_64/bin/ folder?

Я пытаюсь выяснить, как добавить загруженный двоичный файл в путь к исполняемому файлу. Я ожидал, что загруженные файлы из раздела post будут отображаться в / home / или аналогичном файле внутри контейнера, но, похоже, я не могу найти их, когда выполняю оболочку с singularity shell myImage.simg.

1 Ответ

1 голос
/ 22 ноября 2019

По умолчанию PATH, используемый в контейнере, является PATH среды, из которой вы его запускаете. Простой способ убедиться, что путь, который вы хотите, установлен: PATH=/path/to/strelka/bin:$PATH в %environment.

Простой файл определения, с которым вы можете быстро поиграть: 

Bootstrap: docker
From: debian:buster-slim

%environment
    PATH=/some/weird/path/bin:$PATH

%runscript
    echo "PATH is: $PATH"
...